MR.BRAIN
[第1話]
爆弾が爆発する事件が起こり、全部で５発仕掛けたと犯行声明が警察に入った。05/23放送
現場付近で爆弾らしきものを触っている九十九（木村拓哉）が発見され、船田（ユースケ・サンタマリア）は彼を連行する。
その時、すぐ近くのビルで違法カジノを経営する暴力団と客たちが一斉検挙されていた。
取調室に連れていかれた九十九は船田の言動から、彼が爆弾犯でカジノの金を盗んだと見抜いた。
九十九を犯人と決めつけて取り調べしていた丹原（香川照之）は悔しがる。
九十九はそこで初めて彼らに自己紹介。科警研で働くことになっている脳科学者だという。
無事に釈放された九十九は、法科学部長の佐々 (大地真央) から助手となる 和音 (綾瀬はるか) を紹介されtaた。
そんな中、産業開発省の役人が殺される事件が２件発生。
現場には被害者の血で大きな十字架が描かれていた。
被害者はともに建設業界における談合の撤廃に尽力してきた人物だった。
金庫の指紋やなどから、建設会社の社長・土田（志賀廣太郎）に容疑がかかる。
だが、彼は警官を殴ったことから拘留中の身だった。
困った林田（水嶋ヒロ）は九十九を連れて、土田のもとへと行く。
土田は自分は壁を抜けて殺人を犯したと言う。
だが、九十九は元々、土田の指紋が付いていた金庫を真犯人が現場にあったものとすり替えたのだろうと推理。
土田もそれをあっさり認める。
続いて、産業開発省の局長・土井（高嶋政伸）の自宅が爆破され、妻と秘書が被害に遭う。
丹原と林田は現場に向かう途中、マル暴の武井（市川海老蔵）の車とすれ違った。
暴力団とつながっているという噂もある人物で、丹原と林田は彼が一連の事件の犯人だろうと疑う。
２人は武井を連行しようとしていると、九十九が現れ、真犯人が分かったと告げる。
最初の事件の被害者のそばに「土井」と血で書かれていた。
これが犯人を示すダイイングメッセージで、大きな十字架はそこから目を逸らさせるための罠だったのだ。
土井は事件当日、出張に行っていたとアリバイを主張。
九十九は事件現場の写真だと言って、土井に２枚の写真を見せる。
土井はどちらも知らないと言うが、２枚目は事件現場ではなく、彼の出張先の土地の写真だった。
その風景を知らないと言った頃からアリバイは崩れ、土井の犯行が証明された。
07/11
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第1話
5年前までちょっと顔が良くてもてはやされている程度のホストだったが、
ある事故に巻き込まれて脳の一部を損傷。
命は無事だったものの、この事故をきっかけに彼の人生が大きく変わることとなった。
というのも、この事故を境に九十九の脳が人並み外れた発想力と思考力を開花させたのだ。
その後、優秀な脳を得た九十九はその才能を生かし脳科学者となり、
そして今回、その実力が買われて科警研へとやってくることとなった…。
科警研で九十九の部下として働く女性。
もともとは化学部門だったのだが、九十九の格好良さから脳科学に対し、
極度のやる気を出すようになった。
しかしそんな憧れの気持ちも忘れ去るほど、和音は九十九に振り回されることとなる…。
警視庁の捜査一課で働く刑事。
丹原朋実（香川照之）の部下として事件の捜査を日々行っている。
捜査で協力を依頼することの多い九十九のことを心から尊敬しており、
事件のたびに九十九と関わりを持てることをひそかに楽しみにしている男である。
科警研で生物学を担当している男。
DNAや指紋、血液といった個人の特定に必要な情報を集める才能に長けている。
捜査だけでは犯人を特定できなかった迷宮入りクラスの難事件も、
彼のおかげで何度も解決に至っており、
科警研ではエース的存在である。
事件が起こる度に姿を現す九十九のことを邪魔者扱いする警視庁捜査一課の刑事。
九十九のことを心から尊敬している直属の部下・林田虎之助（水嶋ヒロ）のせいで年がら年中嫌な思いをしているらしい。
しかし、結局事件が終わってみればこの3人がうまい具合に絡み合って事件が解決されることが多いのも事実である。
科警研の法科学部長を務める女性。
各研究室の予算や成果などを事細かにチェックする何に対してもとことん厳しい性格の持ち主。
九十九の才能自体は認めているものの、
時々表に出る研究者らしくない行動に対しては不満を持っているらしい…。
科警研で画像解析を担当しているベテラン研究員。
防犯カメラなどに写った不鮮明な画像などを基に、
確実に犯人の特徴を割り出していく。
その道のスペシャリストとはこの男のようなことをいうのかもしれない。
科警研で音声分析を担当している男。
事件に関わるというよりは、容疑者の声から年齢や出身地、身長、顔の特徴などを自動で割り出すソフトの開発に没頭している。
科警研で生物学を担当している男。
難波と共にDNAなどを専門として研究している。
人見知りでひねくれた性格のため、
初対面の人と出会うとその人の毛髪を採取してDNA鑑定し、
その人の性格を調べている変人男。
科警研を統括している所長の男。
佐々と共に脳科学研究室を立ち上げ、
九十九を呼び寄せた張本人である。
科警研で化学を担当している男。
爆薬や毒物などの分析をしており、
その実力もなかなかのもの。
しかし、若干人のことを見下したような性格の為、
あまり好かれはしない。
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